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        1、培訓過程中，如有部分內容理解不透或消化不好，可免費在以后培訓班中重聽；
        2、課程完成后,授課老師留給學員手機和Email,保障培訓效果,免費提供半年的技術支持。
        3、培訓合格學員可享受免費推薦就業機會。

GROMACS分子動力學仿真培訓大綱

GROMACS基礎

1. 1 分子模擬入門理論——對分子動力學模擬原理游刃有余

2. 1.1 基本假設

3. 1.2 主要算法介紹：最速下降法、共軛梯度法

4. 1.3 積分步長的選取

5. 1.4 溫度和壓力控制

6. 1.5 周期性邊界條件

7. 1.6 分子動力學模擬流程

GROMACS入門操作

1. 2 GROMACS入門操作基礎

2. 2.1 Linux命令入門基礎——熟練掌握GROMACS所用的Linux命令

3. 2.2 GROMACS的win版linux版編譯安裝——學會編譯方法，針對自己體系編譯軟件

4. 2.3 GROMACS涉及的各種輸入輸出文件參數介紹

5. 2.4 GROMACS力場介紹——深度探究力場具體形式，為以后創建自己體系做準備OPLS為例，力場的各種參數說明

6. 3 GROMACS建模——掌握基本操作流程——使學員具有扎實的技術基礎

7. 3.1 Packmol，GaussView，vmd等建模軟件的使用

8. 3.2 建立各種體系模型
混合模型、界面模型、球體模型等

9. 3.3 小分子各種力場TOP文件的建立，x2top, prodrg, ATB,itp, top的結構以及參數說明

10. 3.4 建立均相、多相體系

11. 3.5 如何修改力場參數

GROMACS建模計算

1. 4 GROMACS計算實例——熟練掌握GROMACS計算一整套流程

2. 4.1 純相、多相混合體系模擬計算
冰、水、甲烷等、超臨界二氧化碳等
乙醇等極性溶劑
石油化工領域等、聚合物分子等

3. 4.2 界面模擬計算
氣液界面、固液界面、油水界面
表面活性劑的界面模擬

4. 4.3 物理場下的模擬計算
靜電場、微波場、高斯脈沖場

5. 4.4 石墨烯、納米管的模擬

6. 5 使用AmberTools建立分子GAFF力場（力場的精確構建方法）

GROMACS初級數據分析

1. 6 GROMACS數據分析

2. 6.1 GROMACS分析工具運用
徑向分布函數（RDF）/ 離子配位數 / 擴散系數 / 介電常數

3. 6.2 各種能量性質計算
各個方向密度、壓力、表面張力、勢能

4. 6.3 氫鍵相關性質計算
平均氫鍵個數 / 平均氫鍵壽命 / 氫鍵自相關函數

5. 6.4 結構分布、四面體參數

6. 6.5 計算鍵角和二面角的分布
用make_ndx建立索引

7. 6.6 計算二維的平面或軸徑向密度

8. 6.7 空間分布函數的繪制

復雜體系建模分析

1. 7 蛋白體系、生物大分子建模仿真

2. 8 復雜體系建模仿真：蛋白配體復合物

3. 9 傘形采樣——計算結合自由能

4. 10 使用g_MMPBSA計算結合自由能

5. 10.1 編譯安裝APBS、g_mmpbsa

6. 10.2 通過g_mmpbsa計算分子間結合自由能

7. 11 表面活性劑構建和模擬

8. 12 生物膜構建和模擬

9. 13 固/晶體建模仿真

數據分析

1. 14 GROMACS高級分析工具運用

2. RMSD分析 / 抽取性質數據 / 計算回轉半徑 / 計算平均結構等
軌跡的處理: trajconv、g_traj (重點，為以后寫代碼分析提供支持)

3. 15 分析軌跡代碼編寫

4. bash腳本/ python腳本

剖析講解

1. 一：非標準殘基力場構建

2. rtp文件構建方法
掌握atp文件書寫方法
非標準氨基酸top文件構建

3. 二：高分子聚合物的TOP文件構建

4. 構建高分子聚合物結構
高分子單元rtp文件構建

5. 三：粗粒化模型建立